유전체 분석 시험
NEXJENNER SERVICE
20년 한국 유전체 분석 시장의 역사를 함께한 전문 인력의
노하우로 다양한 유전체 분석 서비스를 제공합니다
유전체 분석이 필요한 연구자에게 맞춤형 서비스를 제공해 드립니다
㈜넥스제너는 DNA sequencing, Transcriptome sequencing, Metagenome sequencing 및 SNP genotyping 등
연구 디자인부터 시료 준비, 유전체 분석 시험 및 통계 처리와 논문 작성에 이르는 전단계의 통합 컨설팅을 제공합니다.
Genome Sequencing
차세대염기서열분석 (Next Generation Sequencing, NGS) 은 빠른 시간내에 대용량의 데이터를 생산하는
기술로 Human, Animal, Plant 및 Microorganism 등을 대상으로 다양한 연구목적에 활용할 수 있습니다
Human Exome Sequencing
· Read Mapping
· Variant calling (SNV, indels)
· Variant annotation
· Seq Depth > 50x
· DNA 1㎍ (Conc. ≥ 50ng/㎕)
· 260/280 = 1.6~2.2
Target DNA Sequencing
· Read Mapping- Variant calling (SNV, indels)
· Variant annotation
· Clinical annotation
· Seq Depth > 100x
· 0.5~1㎍ (Conc. ≥ 100ng/㎕)
· 260/280 = 1.6~2.2
Transcriptome Sequencing
Human, mouse 및 동식물 등 다양한 시료로부터 정상군과 대조군의 유전자 발현량의 차이/ Novel Gene/ Fusion gene
분석이 가능합니다. 약물 treat 후 유전자 발현 차이를 보거나, 질환에 연관된 유전자의 기능 연구에 활용할 수 있습니다/ Novel Gene/ Fusion gene
RNA Sequencing
· Reference alignment
· Abundance Estimation
· Differential expressed genes (DEGs)
· Novel gene, fusion genes
· Seq Depth 15-20M Reads
· Total RNA 1㎍ (Conc. ≥ 100ng/㎕)
· RIN ≥ 7
· DNA-free
Small RNA Sequencing
· Reference alignment
· Abundance Estimation
· Discovery of novel/known miRNA
· data size 5M Reads
· Total RNA 1㎍ (Conc. ≥ 100ng/㎕)
· RIN ≥ 7
· DNA-free
Ampliseq Transcriptome Sequencing – Human/ Mouse
· Diffential expressed genes
· data size 7-10M Reads
· Total RNA 0.1㎍ (Conc. ≥ 10ng/㎕)
· FFPE> 10ng
· RIN ≥ 7, DNA-free
Hierarchical Clustering
Scatter plot
PCA plot
Metagenome Sequencing
다양한 샘플의 박테리아, 균류 등을 확인 및 비교할 수 있습니다
배양이 어려운 균의 마이크로바이옴 분석이 가능하여 군집다양성의 계통 분류학적 비교가 가능합니다
16S rRNA Taxonomic
Sequencing (v3-v4)
· Taxonomic profiling
· Comparison analysis of microbial community
· Diversity statistics (alpha-, beta- diversity)
· Seq Depth > 50,000 reads
· gDNA>100ng (Conc. 20ng/㎕)
· 260/280 ratio 1.8~2.0
AmpliSeq Metagenome
Sequencing
· Diversity statistics (alpha-, beta- diversity)
· Species of Cancer, immunological and
gastrointestinal bacteria
· gDNA>100ng (Conc. 20ng/㎕)
· 260/280 ratio 1.8~2.0
Shotgun Metagenome
Sequencing
· Remove host sequences
· Metagenome assembled genomes
· Prediction genomic region
· Gene annotation
· Taxonomy assign
· gDNA>2㎍ (Conc. ≥ 100ng/㎕)
· 260/280 ratio 1.8~2.0
AmpliSeq Microbiome Health Research Kit
List of Species : 암/ 면역/ 장 관련 73종 Bacteria
Akkermansia muciniphila
Anaerococcus vaginalis
Atopobium parvulum
Bacteroides fragilis
Bacteroides nordii
Bacteroides thetaiotaomicron
Bacteroides vulgatus
Barnesiella intestinihominis
Bifidobacterium adolescentis
Bifidobacterium animalis
Bifidobacterium bifidum
Bifidobacterium longum
Blautia obeum
Borrelia burgdorferi
Campylobacter concisus
Campylobacter curvus
Campylobacter gracilis
Campylobacter hominis
Campylobacterjejuni
Campylobacter rectus
Chlamydia pneumoniae
Chlamydia trachomatis
Citrobacter rodentium
Cloacibacillus porcorum
Clostridium difficile
Collinsella aerofaciens
Collinsella stercoris
Desulfovibrio alaskensis
Dorea formicigenerans
Enterococcus faecalis
Enterococcus faecium
Enterococcus gallinarum
Enterococcus hirae
Escherichia coli
Eubacterium limosum
Eubacterium rectale
Faecalibacterium prausnitzii
Fusobacterium nucleatum
Gardnerella vaginalis P
Gemmiger formicilis
Helicobacter bi!is
Helicobacter bizzozeronii
Helicobacter hepaticus
Helicobacter pylori
Holdemania filiformis
Klebsiella pneumoniae
Lactobacillus acidophilus
Lactobacillus delbrueckii
Lactobacillus johnsonii
Lactobacillus murinus
Lactobacillus reuteri
Lactobacillus rhamnosus
Lactococcus tactis
Mycoplasma fermentans
Mycoplasma penetrans
Parabacteroides distasonis
Parabacteroides merdae
Peptostreptococcus
arvimonas micra
Peptostreptococcus anaerobius
Peptostreptococcus stomatis
Phascolarctobacterium faecium
Porphyromonas gingivalis
Prevotella copri
Prevotella histicola
Propionibacterium acnes
(Cuubacterium acnes)
Proteus mirabilis
Roseburia intestinalis
Ruminococcus bromii
Ruminococcus gnavus
Slackia exigua
Streptococcus gallolyticus
Streptococcus infantarius
Veil/oneffa parvufa
SNP Genotyping
수백만 개의 SNP를 동시에 분석할 수 있는 SNP Genotyping Microarray 와 Custom Genotyping 서비스를 제공합니다
사람의 전장 유전체 분석/ 염색체 이상 확인 뿐만 아니라 동물과 식물 Microarray 분석이 가능합니다
DNA MicroArray
-Illumina System
· Genetic Association Study (Helixtree)
· Genome Wide Association Study
(Q-Q plot, Manhattan plot etc.)
· Chromosome aberration
· CNV region define
· DNA1㎍ (Conc. ≥ 50ng/㎕)
· 260/280 = 1.6~2.2
Custom Genotyping
- Fluidigm System
· Genetic Association
(Additive, codominant, recessive model)
· LD, haplotype analysis
· Conditional analysis
· 0.5~1㎍ (Conc. ≥ 20ng/㎕)
· 260/280 = 1.6~2.2
NGS 를 통해서 발굴된 변이의 validation 서비스를 제공합니다
Realtime PCR
· SNP genotyping
· Gene expression
· Copy number analysis
· 0.1~0.5㎍ (Conc. ≥ 5ng/㎕)
· 260/280 = 1.6~2.2
Sanger Sequencing
· NGS validation
· difficult region Variant calling
· 0.5~1㎍ (Conc. ≥ 20ng/㎕)
· 260/280 = 1.6~2.2
주요 장비
· Sequencing : Lon GeneStudio S5 Prime/ Lon Chef/ Miseq
· SNP MicroArray & Genotyping : QuantStudio 3/ EP1/ ISCAN/ 3730 Genetic Analyzer
